20世紀(jì)から約1000年後の未來、外宇宙へと進(jìn)出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領(lǐng)下の地球へ失意の帰還をしていた。
　　そんな屈辱の中、難民達(dá)を地球へと送り屆けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運(yùn)命の出會い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム?F?ハーロックの記憶から辿ることから始まる。